Тэцуро, мальчик из захолустного городка, попадает в центр ультрасовременного города, где находится планетарная станция «Мегаполис». От этой станции отходит «Экспресс-Галактика-999», на который пытается попасть Тэцуро. Он крадет билет и его пытается поймать полиция механических людей. Тэцуро неожиданно спасает таинственная Мейтел, с которой он будет вместе путешествовать в «Экспресс-Галактике-999». Мальчик хочет отомстить механическим людям, в частности графу Мекке, за смерть матери, убитой во время охоты на людей. Ему удаётся убить Графа Мекку, но Тэцуро принимает решение поехать на планету Андромеду, где находится фабрика по производству человекоподобных механических людей. По приезду на Адромеду их с Мейтел ожидают еще более захватывающие приключения...