Происхождение имени: Фамилия «Акаги» происходит от названия корабля императорского флота Японии. Имя «Наоко» заимствовано у подруги Хидэаки Анно времён начальной школы.
Мать Рицуко Акаги. Создатель системы суперкомпьютеров «Маги».
Работала над проектом «Е» вместе с Юи Икари. Бывший глава технического отдела Gehirn. Во время работы в Gehirn Наоко стала любовницей недавно овдовевшего Гэндо Икари. После завершения в 2010 году комплекса «Маги» у Наоко случился конфликт с первой Рэй, в ходе которого Рэй назвала её «старой каргой» и сказала, что Гэндо сам часто её так называет и говорит, что «от Наоко пора избавиться». После этого она поняла, что Гэндо просто пользовался её влечением, чтобы гарантировать её работу на него. В порыве гнева Наоко задушила Рей, а впоследствии, либо совершила самоубийство, либо была убита при похожих на самоубийство обстоятельствах. Одновременно с этим, Gehirn по приказу Кила Лоренца был переформирован в Nerv.
В манге Наоко совершает самоубийство сразу после убийства первой Рэй, а Рицуко становится свидетельницей как убийства Рей, так и самоубийства матери (10 том).
Приметы: Брюнетка с оттенком красного, стрижка средней длины, тёмно-зелёные глаза, красит губы тёмными тонами.