Через четыре года после действий во второй части игры, уволенный Джозеф Капелли забросил борьбу с угрозой Химер; он скрывается с другими выжившими, включая его жену и сына. Когда появляется доктор Фёдор Маликов с предложением нанести удар по Химерам, Капелли с неохотой соглашается, чтобы отправиться в путешествие из Оклахомы а Нью-Йорк.