Действие игры разворачивается примерно через триста лет после событий Star Wars: Knights of the Old Republic, за 3500 лет до восхождения Дарта Вейдера.
Галактическая Республика для нескольких поколений оставалась оплотом мира в погрязшей в междоусобицах галактике. Охраняемая верными защитниками, джедаями, она была надеждой тех, кто мечтал о развитии и единении звездных систем. Но в темных глубинах космоса уже зародилась и окрепла Ситская Империя, возглавляемая тёмными лордами, мечтавшими о безграничной власти и мести вечным врагам —джедаям. Века подготовки не пропали даром, и теперь ситы готовы вернуться.
Огромный флот и подчиненная железной воле Императора ситов армия бесстрашных воинов внезапно напала на десятки миров во Внешнем Кольце и развязала ещё не виданную в галактической истории войну.
От ледяных пустошей Илума до пустынных равнин Датомира запылали жестокие битвы, миллионы безвестных героев пали на полях брани. Несмотря на нейтралитет, водный мир Манаана был опустошен, лишивших всех построек на поверхности. Селкаты вынуждены были бежать в подводные города своего безбрежного океана. Другие звездные системы заплатили ещё более высокую цену: одни перестали существовать, другие остались необитаемы. Бойня закончилась разграблением Корусанта, что вынудило Галактический Сенат подписать невыгодный Корусантский мир.
Годы спустя после заключения позорного договора Галактика находится во власти страха и неизвестности, а Император ситов, пользуясь этим, преследует только ему известные цели. Республика пытается восстановиться и собрать силы для ответа врагу.
Сейчас противоречия между Республикой и Империей обострились до предела, пограничные стычки и локальные конфликты разгораются со всё большей силой даже на таких исконно мирных планетах, как Алдераан. Нелегко доставшееся перемирие быстро теряет смысл, и новая большая война уже началась, хотя формально не объявлена.
Выросло новое поколение героев, как тёмных, так и светлых, готовых смотреть в лицо приблежающемуся хаосу. Они будут сражаться за судьбу галактики в это время тревоги и отчаяния.