О планах разработки третьей игры во вселенной Deus Ex впервые было сообщено главой французского подразделения Eidos Патриком Мельхиором в мае 2007 года. Официальный анонс её состоялся в ноябре того же года вместе с выпуском тизера.
Первые подробности будущей игры были сообщены журналом PC Zone спустя почти год после анонса, в октябре 2008 года. Были подтверждены ходившие ранее слухи о том, что игра станет приквелом первой и второй частей Deus Ex, а также стало известно имя главного героя.
Весной 2009 года Eidos Interactive, которой принадлежали права на серию Deus Ex, была куплена японской компанией Square Enix. Вскоре стало известно, что Square Enix помогает монреальской студии Eidos в работе над игрой.
В марте 2010 года после официальной смены названия игры был выпущен новый тизер, демонстрирующий её главного героя Адама Дженсена. 4 июня был представлен первый полноценный трейлер, представляющий собой развитие тизера и приуроченный к выставке компьютерных игр E3. Накануне E3 в ряде специализированных изданий появились превью игрового процесса Deus Ex: Human Revolution На самой выставке геймплей демонстрировался за закрытыми дверями и не был показан широкой публике. Однако после завершения выставки в сети Интернет была выложена тайно сделанная видеозапись геймплея.Первый официальный ролик, демонстрирующий игровой процесс, появился в августе.
17 сентября 2010 года был опубликован новый тизер, ранее показанный на Tokyo Game Show, в котором более детально описываются события, непосредственно предшествующие основному сюжету.
В декабре 2010 года стало известно, что релиз игры, ранее планировавшийся на начало 2011 года, отложен на более поздний срок — по одним данным, на первый квартал 2011 финансового года (апрель—июнь), по другим — на 2011 финансовый год без уточнения времени. Появившиеся слухи о том, что игра выйдет в апреле, были опровергнуты Eidos в своём официальном твиттере, где было заявлено, что игра по-прежнему не имеет точного месяца релиза.
В марте 2011 года наконец была объявлена точная дата релиза игры — 23 августа в Северной Америке и 26 августа в Европе.
Разработкой PC-версии игры занимается нидерландская студия Nixxes Software, которая ранее уже сотрудничала с Eidos в вопросе портирования игр. Геймдизайнер Human Revolution Жан-Франсуа Дюга в интервью сайту Shacknews пояснил, что такое решение было вызвано нехваткой рабочей силы: «Это был больше вопрос логистики и количества людей, необходимого для уверенности, что все версии находятся на одном уровне качества». Eidos Montreal контролирует процесс создания PC-версии.