Действие Resident Evil: Operation Raccoon City происходит в 1998 году параллельно событиям Resident Evil 2 и Resident Evil 3.На дворе сентябрь, Т-вирус точно в срок вырывается из лабораторий корпорации Umbrella, эпидемия начинает стремительно распространяться по миролюбивому городу Raccoon City уничтоженному ядерным взрывом ещё в 3-ей части.Согласно сюжету , USS получили приказ уничтожить все улики вырвавшегося на свободу вируса и убить всех выживших. В это же время правительство США отправляет собственные войска, которые должны выяснить причину появления вируса и найти виноватых.