Как и в любой другой игре,сюжет играет первое место (аркады не в счет). А он у нас такой:
Действие игры проходит на Марсе,через 50 лет событий Red Faction: Guerrilla.
Но сейчас я расскажу что предшествовало этому. После освобождения Марса от Оборонных Сил Земли (СОЗ), в Марс попал огромный метеорит. Этот метеорит попал по терраформенным машинам и в следствии чего, на Марсе начались торнадо и штормы. Люди были вынуждены уйти под землю, где создали целую сеть шахт и жилых пещер. Там же люди начали создавать колонии.
Но вернусь к сюжету.
Игра начинается через десять лет,после перезда в шахты в 2170 году. Наш протогонист, Дариус Мейсон, внук героев марианской революции Алека Мейсона и Саманьи. Герой работает в бастионе, подземном центре колонистов, где идут работы по добыче ископаемых и также наемные работы. Дариус вместе с конрабандистами перевозит товары и грузы по поверхности Марса к населенным пунктам. В общем всякая опасная работа. Во время очередной работы в шахтах, он случайно находит древный храм мародеров. Но неожиданно древние силы в храме просыпаются и начинается армагеддон на Марсе. Теперь они нападают на колонистов. Всю вину кладут на Дариуса и он вступает в Красную Фракцию,чтобы спасти людей и отчистить свое имя.