История второй части вертится вокруг Алисы – маленькой девчушки, чей рассудок помутился после гибели семьи. Впоследствии Алису откомандировали в психбольницу, где она сражалась со своими внутренними демонами и пыталась вновь стать частью социума. После десяти лет, потраченных на реабилитацию, ее выписывают из медучреждения, но кошмары и странные видения не перестают преследовать бедняжку. Поэтому она решает вновь отправиться в Страну Чудес и узнать правду о гибели своей семьи. Впрочем, с момента последнего визита Алисы Страна Чудес заметно изменилась – ужасное зло обосновалось в некогда мирном плоде фантазии. Теперь только от Алисы зависит судьба Страны Чудес.