Наш герой - новичок подразделения FEAR , которое специализируется на устранение паранормальных угроз. Координатор FEAR,Роуди Беттерс инструктирует Оперативника (Главный герой) и его товарищей Джин Сун-Квон и Спэна Янковски. Беттерс приказывает уничтожить Феттела и тогда все клоны,находящиеся в телепатической зависимости от него, порсто отключатся. Для экстренных ситуаций, в Армахеме, в голову Феттелу вживили передатчик, таким образом, команда может отследить его перемещение со спутника -шпиона Ганнибал 3.Спутник засёк Феттела в заброшенном доме в районе Оберн. Вместе с коллегой Янковски вы проникаете в здание и обнаруживаете растерзанный труп мужчины. Когда же Оперативник пошёл на разведку на крышу здания, Феттел коварно, из-за угла, обрушивает на его бедную голову увесистый брусок доски.В полуобморочном состоянии видим склонившегося над нами Феттела.Он произносит, что погибшего звали Чарльзом Хабеггером, что тот заслужил смерти и что-то загадочное про "нее" и память.Когда Оперативник окончательно приходитв себя, Феттел уже вне досягаемости. Отряд Дельты обнаружил его в порту, и вы вместе с Янковски отправляетесь туда, чтобы под прикрытием бойцов отряда выяснить причину угрозы.
По прибытию в порт Оперативник и Янковски вместе с группой поддержки спецподразделения Дельта разделяются на 2 группы. Все спецназовцы в обеих группах неожиданно погибают. В видении,которые и дальше будут преследовать Поинтмэна, перед нами предстает маленькая девочка, непонятно как уничтожившую группу прикрытия Оперативника. Янковски не отвечает на позывные. Дальше продвигаемся в полном одиночестве и впервые сталкиваемся с солдатами- клонами. Добравшись до места, где пропала связь со второй группой, видим впереди себя призрак Янковски и находим костные останки еще трёх спецназовцев, однако останков самого Спэна там нет.Далее встречаем фонтом той самой девочки, взрывной волной Оперативника выбрасывает из здания склада и он чудом остается живой и невредимый.
В то же самое время,в штаб-квартиру «Армахема», направляется отряд «Дельта». Сигнал передатчика Феттела засекают в районе Южной водоочистной станции, и Оперативник, подгоняемый суровым голосом координатора,в одиночку со всех ног бросается туда, встречая на своем пути многочисленные пикеты клонов-солдат, фантом Янковски с загадочной фразой: «Она боится тебя...» и снова призрак девочки, от встречи с которой у Поинтмэна начинаются очередные кровавые видения. Поступает информация об опознании трупа, найденного в заброшенном доме.Это ученый из «Армахема» Чарльз Хабеггер. Неожиданно клоны начинают организованно отступать, а мы наблюдаем трагичную сцену допроса Феттелом одного ученого,попавшегося к нему в руки только что.Феттела интересует местонахождение некой Альмы. Немного погодя, обнаруживаем и самого пленника,привязанного к стулу.Это Билл Моди,иследователь из Армахема.Увы,он обречен. Перед смертью, Моди успевает поршептать, что Феттела нужно остановить до того, как он найдёт Альму и произносит слово "Источник".В это время координатору F.E.A.R. поступает информация об очередном ЧП. Разведгруппа «Дельты», посланная в штаб-квартиру «Армахема», не выходит на связь. Феттел, судя по всему, планирует отправиться именно туда же. Уничтожив еще один отряд клонов, прикрывающих отступление,наш Герой чуть-чуть не успевает за Феттелом, который на его глазах улетает на своём «Крокодиле» к штаб- квартире "Армахема". Оперативник на прибывшем вертолете спецназа направляется за ним.
Едва успеваем высадиться на вертолетной площадке здания «Армахема», сразу же попадаем под шквальный огонь противника. Спецназовцы погибают на месте. Поинтмэн опять один и помощи пока ждать неоткуда. Поступает информация, что тело Янковски не было найдено, а останки найденные в порту были опознаны. Наша задача - найти и перезагрузить центральный сервер, что бы узнать, что вообще здесь происходит. По пути следования ,мы постоянно собираем информацию и узнаем, что существовал проект «Икар» ,биоинженерная программа, начатая в 73ем. Исследование влияние невесомости на организм, развитие мышц и т.д. Однако проект свернули для освобождения ресурсов под некий проект «Персей». Пробираясь полутемными пустыми коридорами к серверной, Оперативник неожиданно встречает подозрительного сотрудника АТС, инженера Нортона Мейпса, который просит нас отключить систему охраны. После отключения Мейпс теряется из виду. Перезагрузив сервер, получаем доступ к данным компании, однако в охранную систему войти невозможно, т.к. она находиться в отдельной сети.
Координатор регистрирует сигнал Феттела в непосредственной близости от Оперативника,а он в это время слышит странные слова Пакстона Феттела о его кровном родстве с той самой девочкой,фантом которой мы наблюдаем на протяжении всего нашего опасного пути, и о его стремлении освободить ее.Добравшись до места последнего контакта с пропавшей группой «Дельта», обнаруживаем ужасную картину: скелетированные трупы бойцов и море крови. Оставив прибывшую на место трагедии Джин с группой Дельта, исследовать останки, Оперативник вновь устремляется вперед по полным опасностей коридорам и вскоре обнаруживаем захваченного клонами заложника. Им оказался Алдус Бишоп, ученый.Бишоп собщил координатору,что клоны расспрашивали его о Харлане Вейде, с дочерью которого,Элис Вейд, он проработал в одной из лабораторий в Оберне.К несчастью эвакуировать Бишопа живым не удается, его ликвидирует служба безопасности АТС,что становится полной неожиданностью для координатора.Похоже, кто-то наверху из Армахема начал заметать следы,а Бишоп слишком много знал. Беттерс пытается связаться с руководителем компании Женевьевой Аристид, но тщетно. Похоже, она успевает скрыться еще до захвата клонами штаб-квартиры.
Становится понятна цель проекта «Персей» - подготовка командиров-телепатов для управления солдатами-клонами. Но по каким-то причинам во всех документах Феттел, упоминается как «второй прототип». Дальше выясняется, что Феттел появился в рамках проекта -«Источник», что первый прототип был неудачный т.к. не обладал телепатическими способностями, второй прототип-это Феттел, а третьего вообще не было, проект закрыли из-за какого-то неприятного инцидента.Обнаруживаются и все более страшные подробности о данном проекте. Руководил проектом ученый Харлан Вейд.И похоже именно его ищет Феттел.
Мы снова натыкаемся на Мейпса, он просит активировать для нас лифты т.к. клоны отключили их. Помогать ему не очень хочется, но что делать. После активации лифтов Мейпс снова от нас удирает. Теперь он в открытую пытается нам помешать, активируя охранную систему. Наша задача найти Эллис Вэйд до того, как до неё доберется Феттел. Уничтожая клонов, мы освобождаем Эллис, она даёт нам координаты места нахождения замаскированного объекта, где сейчас может находиться ее отец, и, очень торопясь к нему, уезжает на машине, не дождавшись эвакуации. Мы покидаем офисы Армахема, в надежде опередить Эллис, несёмся к объекту.
По базе данных координаты объекта полностью соответствуют местонахождением бывшего завода Реммельмайер,а АТС его выкупил в 50-ых из-за подземных бункеров, и обустроил его специально для проекта Источник. По пути наш БлэкХок подбивают и к объекту Поинтмэн вынужден идти пешком. На выходе из заброшенного отеля он сталкивается с Феттелом.Элис Вейд находится в его руках и это не сулит ей ничего хорошего. Попытка кинутся вслед за ними не приносит успеха,лишьстрашного видения и Оперативнику ничего не остается как двигаться вперед,к обозначенному объекту .
Помимо клонов, на завод прибыли ребята из Службы безопасности АТС, и они настроены очень враждебно по отношению к сотруднику F.E.A.R. Их цель полное уничтожение объекта. Добравшись до подземных сооружения, обнаруживаем старого знакомого, Нортона Мейпса, он форматирует жесткие диски суперкомпьютеров, чтобы замести следы незаконных экспериментов компании.Теперь нам становится понятным и кто такая девочка Альма и что с ней сотворили, и что Пакстон Феттел ее сын,и что такое первая«синхронизация»,в результате которой Альму пришлось умертвить,а проект заморозить,и что привело ко второй "синхронизация" , в результате которой Феттел снова оказался неуправляем.Теперь Харлан Вэйд намерен выпустить Альму и Мейпс пытается остановить его. Но Вэйд настроен решительно.Он стреляет в Мейпса, тяжело раня его и проходит в центральный вход, который ведёт прямиком в Саркофаг. Раненый Мейпс просит нас уничтожить объект (да-да-да и мы опять ему помогаем), но нам надо во что бы то ни стало остановить Вейда.
Оказавшись внутри Саркофага, мы видим, что Эллис убита Феттелом под влиянием голоса Альмы, и наблюдаем настоящие видение-откровение. Оперативник узнает от Феттела, что тот его родной брат и оба они рождены одной матерью,утверждая,что он должен все-таки чувствоать это,несмотря на то,что так и не знает ни своего прошлого ни собственного имени.Еще находясь в плену у видений, наш Герой делает ГЛАВНЫЙ выстрел своей миссии - выстрел в Пакстона Феттела...
... снова Саркофаг, у наших ног тело Феттела, рядом растерзанный труп Элис Вейд. Чуть дальше стоят неподвижные клоны. Они в отключке. Но битва ещё не окончена, Харлан Вэйд идет на безумный шаг, освобождая Альму из Саркофага. Вместе с ней, на свободу вырываются призраки – кошмары. Теперь нам предстоит бой с тёмными силами, которые, как и Альма отчаянно жаждут мести. Уничтожаем предохранители, происходит цепная реакция, которая вот-вот вызовет взрыв. Что есть сил, бежим наверх, прочь от опасного места. Уже перед самым выходом из здания, Поинтмэн переживает последнее видение: Альма - дочь Харлана Вейда, ее разлучают с только что родившимся ребенком и этот младенец - Оперативник, голос Хаббегера, полный горечи и шепот Альмы: «Я знаю, кто ты»
Едва успеваем выбраться наружу,происходит взрыв невиданной силы. Поинтмэн чудом остался жив, его эвакуируют. Но это не конец...ведь Альма обрела свободу, и она продолжит мстить.