За двести лет до событий игры некий унитолог Altman обнаружил на земле Черный Маркер. Правительство вложило в его исследование огромные ресурсы и создала его точную копию. Однако, из-за невозможности использовать те же материалы, что были использованы при создании Черного Маркера, копия приобрела красный оттенок и была названа Красным Маркером.
Altman хотел рассказать о сделанной копии церкви и всему остальному миру, однако было решено, что он слишком много знал и должен был быть устранен. Из-за проблем с финансированием и из-за возможных конфликтов с Церковью было решено переместить Красный Маркер на планету Aegis-7 в системе Aegis (Эгида).
Там же был полностью расшифрован репликационный код, обнаруженный в черном обелиске. С его помощью были созданы бактерии, которое могли инфецировать и изменять мертвые клетки. Также стало известно, что маркер может влиять на эти бактерии, вводя их в некую форму спячки.
После тестового запуска Красного Маркера на планете Эгида-7 произошел кризис, сходный с тем, что произошел в колонии и на Ишимуре 200 лет спустя. Исследовательские центры быстро покинули, маркером запечатали Разум Роя на планете и объявили систему Эгиды запретной зоной.
Через двести лет, корпорация CEC обнаружила на планете в системе Эгиды просто огромные запасы полезных ресурсов и начала нелегальную разработку планеты. Вскоре, колонисты обнаружили Красный Маркер и посчитали его появление знамением божьим, после чего к планете был выслан корабль USG Ishimura, на котором большая часть экипажа (После вмешательства церкви) была приверженцами церкви Унитологии.
Кендра Дэниэлс - правительственный агент и была в последний момент добавлена в экипаж челнока, отправленного на ремонт Ишимуры с заданием забрать маркер с планеты.