Главный герой игры, инженер-системотехник, отправленный своим начальством, Concordance Extraction Corporation (CEC (В локализации - Си-И-Си)), на разведку и ремонт корабля USG Ishimura в команде с тремя служащими охраны CEC и компьютерным специалистом. Исаак также ищет свою бывшую подругу, Николь Бреннан, от которой он получил странное послание. За несколько лет до этого, Николь повысили и перевели на Ишимуру в качестве медицинского специалиста, после чего они потеряли друг с другом связь.
Его отец, Пол Кларк, покинул семью, когда Исаак был еще ребенком. Не выдержав этого, его мать, Октавия Кларк, посвятила себя Унитологии и перечисляла все деньги Церкви, вместо того, чтобы финансировать обучение сына. Айзек попал в куда менее известный колледж, чем он хотел, однако смог закончить его с отличием и решил пойти по стопам своего отца, став инженером.
Айзек ни разу не военный, возможно даже откосил от службы, поэтому никаких финтов ушами и прочими частями тела от него можно не ждать. Он в хорошей физической форме, но и только
Сержант Зак Хэммонд
Старший офицер безопасности, военный человек, отсюда практически полное бесстрашие, решительность и рассудительность. Желание выполнить изначальное задание, вместо того, чтобы отменить его, приводит к ссоре с Кендрой, которая считает это странным и, в итоге, называет его предателем. На протяжении игры, он пытается привести корабль в работоспособное состояние, однако, с течением игры, Хэммонд меняет приоритеты и пытается спасти себя и оставшихся в живых на корабле
Кендра Дэниэлс
Кендра компьютерный специалист, отправленный в составе команды на челноке Келлион, когда с Ишимурой была потеряна связь. Она часто помогает Айзеку по ходу игры, подсказывая направление или взламывая ранее закрытые двери, которые невозможно было открыть иными способами. Она часто выказывает свое недоверие к Хэммонду, хотя на самом деле знает о происходящем гораздо больше, чем кто либо еще. Единственный персонаж, у которого нет своего Икса.
Капрал Чен
Пилот USG Kellion, челнока, разбившегося на Ишимуре и один из солдат под начальством Хэммонда
Капрал Джонстон
Второй пилот USG Kellion, также находится под начальством Зака Хэммонда
Николь Бреннан
Бывшая подруга Айзека и мед специалист на борту Ишимуры. Она посылает ему видеозапись с просьбой о помощи, и именно из-за нее Айзек вызвался добровольцем для полета. По всей игре мы слышим и видим, как она просит нас «Сделай нас единым!». С ней явно что-то не так
Доктор Кэллус Мерсер
Врач на борту USG Ishimura, набожный Унитолог. Во время событий, произошедших на корабле, он полностью сошел с ума и пытался убедить команду корабля совершить массовое самоубийство. Мерсер часто пытается задержать Айзека и даже убить его. Он несколько раз натравливает свое творение, регенерирующего Некроморфа, на Кларка, пока тому не удается прикончить мутанта. Для Мерсера, все происходящее – Божий замысел, и он считает, что все должны умереть и позволить «детям человечества» захватить свои тела
Доктор Тэрренс Кейн
Начальник научного отдела Ишимуры, ближе к концу игры он связывается выжившими членами экипажа USG Kellion и просит о помощи. Он явно не в себе, разговаривает со своей погибшей женой, но, тем не менее, помогает Айзеку остановить этот кошмар. Кейн пытался снять полномочия с капитана Маттиуса, но в возникшей потасовке убил капитана, воткнув тому шприц с успокоительным в глаз. Капитан Бенжамин Маттиус
Капитан USG Ishimura. Маттиус был Унитологом, верящим в то, что маркер принадлежал церкви. На момент начала игры – мертв
Якоб Тэмпл
Якоб – инженер на борту USG Ishimura. Он, как и Айзек, ищет свою подругу - доктора Элизабет Кросс. Он постоянно оставляет аудиозаписи о своих безуспешных попытках ремонта корабля. Он находит Элизабет в жилых отсеках
Элизабет Кросс
Была переведена на Ишимуру в качестве начальника гидропонных ферм. Она так же, как и ее возлюбленный, Якоб Тэмпл, оставляет аудиозаписи во время попыток добратся до рудной платформы. Она находит Якоба в жилых отсеках
Vova
